Lisa: inferring transcriptional regulators through integrative modeling of public chromatin accessibility and ChIP-seq data

通过差异表达分析，我们能够获得上调、下调的基因，然而鉴定这些基因的上游调控因子却非常非常困难。Lisa是最近发表的一个工具，通过整合ChIP-seq和染色质可及性数据来鉴定上游调控因子。

安装位置

在SIBCB的服务器上，可以通过如下路径访问该软件：

/sibcb/program/install/python-3.6/bin/lisa -h

usage: lisa [-h] [--version]
            {oneshot,deseq,multi,regions,coverage,download,install,run-tests}
            ...

Lisa: inferring transcriptional regulators through integrative modeling of public chromatin accessibility and ChIP-seq data
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-020-1934-6
X. Shirley Liu Lab, 2020

positional arguments:
  {oneshot,deseq,multi,regions,coverage,download,install,run-tests}
                        commands

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --version             show program's version number and exit

数据测试

测试数据可以从 Gallery of LISA benchmark datasets下载。比如SOX敲除后调变的基因：down和up。

/sibcb/program/install/python-3.6/bin/lisa oneshot --rp_map_style enhanced_10K hg38 example/3_up.txt --seed=1234 > out/SOX2_up.txt
/sibcb/program/install/python-3.6/bin/lisa oneshot --rp_map_style enhanced_10K hg38 example/3_down.txt --seed=1234 > out/SOX2_dn.txt

结果用图形展示如下：

需要注意的是正确的转录因子并不总是排在第一位，在这个例子中SOX就是如此。

在线分析

如果分析的数据量不太多的话，我们推荐使用在线分析： http://lisa.cistrome.org/

在线分析结果会同时返回基于ChIP-seq和Motif分析的结果：

注：使用本地安装的软件分析，在基于Motif的分析结果中，我们并没有观测到SOX2显著性富集。