聚类基因的功能富集分析

大多数的功能富集分析方法对每一组基因单独分析，忽略了各组之间的关系。iPAGE在分析功能富集的时候考虑了各族之间的相关性，在某些情况能够更敏感地进行功能富集分析。

示例

原始的文件在这里下载：

In [2]:
! head RNAseq/FIRE/bladder.exp

Gene	s.(1-p)
NM_000014	-0.974
NM_000015	-0.997
NM_000016	0.961
NM_000017	-0.579
NM_000018	0.993
NM_000019	0.827
NM_000020	-1.000
NM_000022	0.886
NM_000023	-0.992

为了去冗余，我们把refSeq ID转换成了gene symbol：

In [3]:
! head RNAseq/FIRE/bladder_symbol.exp

gname	value
A2M	-0.974
NAT2	-0.997
ACADM	0.961
ACADS	-0.579
ACADVL	0.993
ACAT1	0.827
ACVRL1	-1
ADA	0.886
SGCA	-0.992

示例运行代码如下：

/sibcb/program/install/perl-5.24/bin/perl \
    /sibcb2/bioinformatics/software/iPAGE/iPAGE/page.pl \
    --expfile=RNAseq/FIRE/bladder_symbol.exp \
    --species=human_hallmark \
    --exptype=continuous \
    --ebins=15

In [ ]: